要瞭解染劑如何對菌體細胞作用而呈色之前，先要知道什麼是染劑。通常它是一種鹽類，含有苯環及呈色基與促色基，由陰、陽電荷組成，其離子之一具有顏色，例如methylene blue chloride(MBC)：

菌體細胞在其周圍環境幾呈中性時稍具陰電性，一般情形也是如此。帶陰電荷之細胞與帶正電荷之甲基藍+ 結合而使細胞呈色。

微生物因為體積微小呈半透明狀，懸浮於水上時幾乎無色，非常不容易觀察其形體形狀。通常菌體多為無色，因此以水懸浮液鏡檢時，不易與水區別出來；當染色後，較易與周圍環境分別而利於檢視。某些染色法可用來鑑別細胞內部構造；另外，使用油鏡可提高放大倍率亦有助於檢視。

一般菌體之顯微鏡檢視通常由兩種方式為之：

未染色-主要觀察活菌體及其活動性；
染色處理-使成死菌體，觀察之。